菜籽油期货交割入库检验时有问题可按照以下流程处理：

1.提出异议：客户需在接到检验结果之日起2个工作日内，以书面形式向交易所提交复检申请。逾期未申请的，视为默认检验结果无误；

2.复检机构确定：客户与交割仓库需协商确定复检机构，确保机构具备资质且双方认可。若协商无果，由交易所直接指定符合资质的第三方检验机构进行复检；

3.复检范围：复检仅针对客户提出异议的具体项目，不涉及其他指标；

4.样品采集：复检机构需独立重新抽取样品，确保样品代表性。仓库需提供必要协助，如场地、设备等，但不得干预抽样过程；

5.复检时限：复检机构需在抽样完毕次日起3个工作日内完成检验并出具结果；

6.结果通知：复检机构将书面结果提交交易所，交易所同步通知客户及交割仓库。复检结果为最终裁定依据，各方需遵照执行。