不能交割的菜籽油被配对会被终止交割。一般来说，不得交割的持仓被配对的，交易所会对其处以合约价值（按配对日交割结算价计算）10%的违约金，违约金支付给对方，然后终止交割。需要注意的是，进入交割月前，不得交割的客户应当将交割月份的相应持仓予以平仓，否则会被强行平仓。

菜籽油期货仓单交割的具体流程：

1、配对日：自交割月第一个交易日起至最后交易日的前一交易日，买卖双方同时申请交割的配对。最后交易日闭市后，计算机按照数量取整，最小配对原则对所有未平仓的合约配对。

2、通知日：配对日后的下一日为通知日，买卖双方在通知日通过会员服务系统确认《交割通知单》。

3、交割日：配对日后的第三日为交割日，交易所收取买方会员全额货款，并于当日将全额货款的80%划转给卖方会员，同时将卖方会员的仓单交付买方会员。余款在买方会员确认收到卖方会员转交的增值税专用发票时结清。

4、增值税专用发票：自交割日起七个交易日内，卖方应当向买方提供增值税专用发票。迟交一至十日的，卖方会员应当每天支付货款金额0.5%的滞纳金；超过十日仍未交增值税专用发票的，视为不交增值税专用发票，卖方会员应当支付货款金额13%的违约补偿金。

5、交割结算价：期货合约配对日的结算价。